علیرغم اهمیت والای قانون حمایت از شرکتها و موسسات دانشبنیان در نظام حقوقی مرتبط با حوزه علم و فناوری؛ این قانون با چالشهای اجرایی متعددی روبه رو است. این چالشها نیازمند بازنگری جدی در اجرای قانون و تغییر دیدگاههای مربوط به این حوزه است. این تغییر دیدگاه اگرچه فرآیندی زمانبر است؛ اما نمیتوان به دلیل ایجاد ثبات در فرآیندها از آن غفلت ورزید.